本中心設中心主任一人,由校長聘任之,任期二年,得連任。中心主任綜理中心業務,負責擬訂中心之培育計畫、督導工作進度與品質。本中心另設置專案經理一人,協助進駐企業各項發展事宜,以推展中心事務。

為有效督導本中心之發展與營運,本校設「生物技術育成中心指導委員會」,校長為召集人並置指導委員若干人,由校長聘任產、官、學、研專家組成,任期二年,得連任,其中研發長與經建會代表為當然委員。委員會負責督導本中心之整體營運策略與方針,檢討上一年度計畫執行成果與本年度計畫執行現況,並 對本中心未來研究重點與計畫執行方向提出建言。

本中心設「審議委員會」,置審議委員七至九人,由校長聘任具實際輔導生技廠商經驗之校內外專家學者組成,任期一年,得連任。審議委員會由中心主任召集以評選、輔導及協助本中心之進駐生技企業。

本中心視業務推動之需要,得以任務編組之方式設置各組,各組得置組長一人,由中心主任聘任之。本中心並得視實際需要,聘請校內外學者、專家為兼任研究人員及技術人員。